MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 cp32-11

Total Repeats: 120

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017393	TAA	2	6	46	51	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017393	GGA	2	6	3958	3963	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017393	G	6	6	7823	7828	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017393	TAAAG	2	10	11941	11950	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017393	TA	3	6	15212	15217	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017393	AT	3	6	15526	15531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017393	TGA	2	6	15554	15559	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017393	AATA	2	8	15662	15669	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017393	A	7	7	15691	15697	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017393	TCAA	2	8	15698	15705	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
11	NC_017393	TGA	2	6	15726	15731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017393	A	7	7	15731	15737	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017393	AGGA	2	8	15770	15777	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017393	CTAT	2	8	15782	15789	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_017393	AATA	2	8	15798	15805	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017393	TTTAC	2	10	16517	16526	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_017393	TA	3	6	16563	16568	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017393	ATA	2	6	17232	17237	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017393	TAA	2	6	17261	17266	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017393	TAA	3	9	17283	17291	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017393	A	7	7	17290	17296	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017393	TCAA	2	8	17939	17946	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_017393	ATT	2	6	17961	17966	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017393	AGC	2	6	17975	17980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_017393	T	6	6	19021	19026	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017393	TAA	2	6	19043	19048	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017393	TA	3	6	19056	19061	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017393	T	6	6	19083	19088	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017393	A	6	6	19091	19096	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017393	A	7	7	19103	19109	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017393	CTA	2	6	19136	19141	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_017393	T	7	7	19170	19176	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017393	TGTAG	2	10	19232	19241	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017393	TAA	2	6	19311	19316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017393	T	7	7	19330	19336	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017393	TAA	2	6	19374	19379	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017393	ATT	2	6	19383	19388	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017393	T	7	7	21871	21877	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017393	T	6	6	22957	22962	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017393	TGA	2	6	22983	22988	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017393	TAT	2	6	22993	22998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017393	T	6	6	23047	23052	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017393	TTTTA	2	10	23076	23085	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017393	ACAAAT	2	12	23086	23097	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_017393	AT	3	6	23119	23124	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017393	ATT	2	6	23128	23133	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017393	ATT	2	6	23149	23154	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017393	TAA	2	6	23156	23161	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017393	TTA	2	6	23185	23190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017393	AAT	2	6	23192	23197	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017393	AT	5	10	23235	23244	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017393	A	6	6	23259	23264	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017393	CAATC	2	10	23282	23291	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_017393	ATA	2	6	23317	23322	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017393	TAAA	2	8	23328	23335	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017393	T	7	7	23344	23350	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017393	T	6	6	23357	23362	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017393	A	6	6	23365	23370	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017393	TA	3	6	23392	23397	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017393	TATT	2	8	23402	23409	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017393	A	6	6	23427	23432	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017393	AAT	3	9	23452	23460	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017393	CAA	2	6	23506	23511	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_017393	TCT	2	6	23545	23550	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017393	A	6	6	23561	23566	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017393	TAAG	2	8	23573	23580	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017393	AGT	2	6	23605	23610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017393	TTG	2	6	23702	23707	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017393	GTG	2	6	23708	23713	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017393	GAA	2	6	23776	23781	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017393	TA	3	6	23786	23791	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017393	AG	3	6	23827	23832	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017393	ATA	2	6	23852	23857	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017393	TA	3	6	23867	23872	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017393	AAAT	2	8	23874	23881	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017393	ATT	2	6	23906	23911	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017393	A	7	7	23914	23920	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017393	CAA	2	6	23948	23953	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017393	TAA	3	9	23970	23978	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017393	AGT	2	6	24028	24033	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017393	T	6	6	24063	24068	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017393	T	6	6	24081	24086	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017393	TGC	2	6	24162	24167	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017393	TAA	2	6	24228	24233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017393	A	6	6	24259	24264	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017393	AG	3	6	24283	24288	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017393	TTG	2	6	24335	24340	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017393	TAG	2	6	24347	24352	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017393	GAGTT	2	10	24377	24386	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017393	AATC	2	8	24445	24452	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
91	NC_017393	A	7	7	24529	24535	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017393	AGAT	2	8	24669	24676	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017393	ACT	2	6	24684	24689	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017393	CAA	2	6	24692	24697	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_017393	TAGTGT	2	12	24738	24749	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017393	A	6	6	24771	24776	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017393	A	7	7	24779	24785	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_017393	AGG	2	6	24798	24803	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_017393	ATTA	2	8	24804	24811	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017393	AAGTAA	2	12	26054	26065	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017393	CAAAAA	2	12	26100	26111	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_017393	A	7	7	26107	26113	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017393	TG	3	6	26125	26130	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017393	TGCA	2	8	26140	26147	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
105	NC_017393	AGA	2	6	26179	26184	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017393	AAGA	2	8	26208	26215	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017393	AT	3	6	26232	26237	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017393	GA	3	6	26307	26312	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017393	TA	3	6	26379	26384	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017393	TATT	2	8	26405	26412	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017393	GAA	2	6	27161	27166	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017393	TAA	2	6	27173	27178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017393	T	7	7	27188	27194	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017393	TTTA	2	8	27251	27258	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017393	TA	3	6	27257	27262	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017393	CT	3	6	27263	27268	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
117	NC_017393	TAA	2	6	27854	27859	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017393	AATA	2	8	27865	27872	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017393	ATA	2	6	27902	27907	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017393	GTT	2	6	27954	27959	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.